Các mối đe dọa xuyên quốc gia, các mối đe dọa an ninh không bắt nguồn từ và không bị giới hạn trong một quốc gia. Khủng bố, tội phạm quốc tế có tổ chức và khả năng mua lại vũ khí hủy diệt hàng loạt (WMD) của các nhóm phi chính phủ thường được trích dẫn là ví dụ về các mối đe dọa xuyên quốc gia.
Mối lo ngại gia tăng về các mối đe dọa xuyên quốc gia vào cuối thế kỷ 20 là hậu quả của những tiến bộ trong giao thông vận tải và viễn thông. Du lịch hàng không thương mại đã giảm đáng kể thời gian và nỗ lực cần thiết cho các mạng lưới tội phạm và khủng bố để di chuyển các hợp tác xã trên toàn cầu, và điện thoại di động, e-mail và Internet giúp các nhóm phân tán về mặt địa lý dễ dàng hơn trong việc liên lạc và điều phối các hoạt động của họ.
Chủ nghĩa khủng bố cung cấp một ví dụ về cách mà những tiến bộ công nghệ hiện đại đã biến một vấn đề từng là cục bộ thành một trong những khía cạnh quốc tế. Bạo lực có động cơ chính trị, tất nhiên, không được biết đến trước cuối thế kỷ 20, nhưng nó thường có hình thức tấn công vào các mục tiêu gần đó. Các nhóm liên quan thường được giới hạn trong một quốc gia hoặc khu vực địa lý và hoạt động độc lập với nhau. Mặc dù họ đặt ra một vấn đề cho chính quyền địa phương, những nhóm như vậy hiếm khi lan xa khỏi nguồn của họ hoặc gia nhập lực lượng với các tổ chức khủng bố khác.
Tuy nhiên, từ thế kỷ 20, các nhóm khủng bố ngày càng sử dụng công nghệ để mở rộng phạm vi hoạt động. Trong suốt những năm 1970 và 1980, Tổ chức Giải phóng Palestine (PLO) đã phối hợp hoạt động của gần một chục nhóm khủng bố, thực hiện các hoạt động trên khắp thế giới. Từ những năm 1990, mạng al-Qaeda đã sinh ra các tế bào hoạt động ở hàng chục quốc gia, với các nhà lãnh đạo al-Qaeda liên lạc với những người theo dõi qua e-mail và mạng xã hội cũng như qua các bản ghi âm thanh và video được phân phối qua Internet. Nhóm này cũng trở nên lão luyện trong việc chuyển tiền trực tuyến từ tài khoản ngân hàng an toàn sang các hợp tác xã trên toàn thế giới. Trước sự ra đời của máy tính và công nghệ số, việc phối hợp và tổ chức toàn cầu như vậy rất khó khăn, nếu không nói là không thể.
Sự sụp đổ năm 1991 của Liên Xô và cuộc khủng hoảng kinh tế kéo dài ở Đông Âu và các quốc gia hậu Xô Viết đã góp phần đáng kể vào số lượng các mối đe dọa xuyên quốc gia ngày càng tăng bằng cách tạo ra một bầu không khí trong đó tội phạm có tổ chức. Mafia Nga, hầu như không được biết đến ở phương Tây trước năm 1991, đã nhanh chóng trở thành một tai họa của các cơ quan thực thi pháp luật châu Âu và Hoa Kỳ. Từ cuối những năm 1990, đám đông người Nga đã xử lý rất nhiều vụ lừa đảo tài chính, buôn người và giết người để thuê trên quy mô toàn cầu. Sự không chắc chắn về kinh tế sau sự sụp đổ của Liên Xô cũng làm tăng khả năng vũ khí hóa học, sinh học hoặc hạt nhân có thể rơi vào tay những kẻ khủng bố hoặc các quốc gia bất hảo. Ở nhiều nước cộng hòa thuộc Liên Xô cũ, các vật liệu được sử dụng để chế tạo vũ khí hạt nhân được bảo vệ và giám sát kém, và một phần của kho dự trữ vật liệu hạt nhân vẫn chưa được công bố.
Để chống lại các mối đe dọa như vậy, các quốc gia đã tăng cường hợp tác, đặc biệt là trong các lĩnh vực thực thi pháp luật và tình báo, trong đó việc chia sẻ thông tin giữa các quốc gia có thể giúp theo dõi những kẻ khủng bố và các nhóm tội phạm có tổ chức.
