Trước khi Kosovo tuyên bố độc lập vào ngày 17 tháng 2 năm 2008, nó chưa bao giờ có tư cách chính trị cho phép nó là một lá cờ của riêng mình. Sau Thế chiến II, Kosovo được sáp nhập vào Nam Tư xã hội chủ nghĩa như một khu tự trị (sau là tỉnh tự trị) của nước cộng hòa Serbia. Chính phủ liên bang ủy quyền cờ chỉ cho một số nước cộng hòa thuộc Nam Tư. Tuy nhiên, người dân tộc Albani sống ở Kosovo cuối cùng đã được phép treo cờ Albania.
Kosovo vẫn là một phần của Serbia sau khi giải thể Nam Tư xã hội chủ nghĩa vào đầu những năm 1990, nhưng một phong trào ly khai ở tỉnh này đã đạt được sức mạnh trong suốt thập kỷ. Năm 1998, Serbia đã thực hiện hành động trừng phạt chống lại phe ly khai ở Kosovo, năm 1999 đã bị Tổ chức Hiệp ước Bắc Đại Tây Dương (NATO) phản đối. Kosovo được đặt dưới quyền quản lý của Liên Hợp Quốc, vẫn ở đó sau tuyên bố độc lập năm 2008 của Kosovo cho đến khi được thay thế phần lớn vào năm 2009 bởi các quan chức của Liên minh châu Âu (EU). Serbia và một số lượng lớn các quốc gia khác vẫn phản đối tuyên bố độc lập đó.
Một cuộc thi chính thức đã được tổ chức để chọn quốc kỳ cho Kosovo. Rất nhiều trong số các mục được dựa trên thiết kế của cờ Albania, trực tiếp hoặc gián tiếp. Mô hình được chọn bởi ảnh hưởng bởi cờ EU đã đưa ra một tuyên bố rõ ràng nhấn mạnh Kosovo là một quốc gia đa sắc tộc. Màu xanh và màu vàng của cờ EU đã được sử dụng cho nền và hình bóng của lãnh thổ quốc gia, và vòng tròn các ngôi sao trắng của cờ EU được đặt song song trong vòng cung của các ngôi sao trắng trên cờ Kosovo. Các ngôi sao được cho là đại diện cho sáu nhóm sắc tộc chiếm ưu thế của đất nước (Albanians, Bosnia, Gorani, Roma, Serbs và Turks). Tuy nhiên, cư dân dân tộc Albania và Serbia ở Kosovo vẫn tiếp tục sử dụng quốc kỳ tương ứng của họ.
