Bosnia, với dân tộc hỗn hợp, không bao giờ phát triển các biểu tượng quốc gia đặc biệt của riêng mình. Chẳng hạn, dưới thời Nam Tư do cộng sản lãnh đạo từ năm 1946 đến năm 1991, ví dụ, Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Bosnia và Herzegovina chỉ đơn giản sử dụng một biểu ngữ màu đỏ với một phiên bản nhỏ của quốc kỳ Nam Tư ở bang. Vào thời điểm độc lập được tuyên bố vào ngày 3 tháng 3 năm 1992, không có lá cờ nào tồn tại được chấp nhận bởi người Bosnia, người Serb và người Croatia. Do đó, chính phủ thống trị của Bosnia đã thông qua những gì họ hy vọng sẽ là một biểu tượng trung lập từ quá khứ. Nó đã chọn huy hiệu được sử dụng bởi vua Stjepan Tomaš (trị vì 1443 Hóa61), mà nó được gán cho nhà cai trị Bosnia thời trung cổ vĩ đại nhất, Tvrtko I (1377 Phép91). Cái khiên màu xanh đó với một đường chéo màu trắng ngăn cách sáu bông hồng vàng được đặt ở trung tâm của một lá cờ trắng. Sự thể hiện nghệ thuật, chính thức được thông qua vào ngày 4 tháng 5 năm 1992, được tạo ra bởi Zvonimir Bebek.
Lá cờ này đã bị nhiều người Croatia và người Serb từ chối khi quốc gia rơi vào nội chiến. Các hiệp định hòa bình được ký kết tại Dayton, Ohio, Hoa Kỳ, vào cuối năm 1995 đã công nhận sự phân chia đất nước giữa Cộng hòa Serb và Liên bang Bosnia và Herzegovina, thường được gọi là liên đoàn Hồi giáo Croatia. Mỗi tiểu bang có biểu tượng riêng và người Croatia tiếp tục sử dụng cờ Croatia để ưu tiên cho cờ liên đoàn, nhưng cờ năm 1992 của nước cộng hòa vẫn được quốc tế công nhận.
Hiệp định năm 1995 kêu gọi việc tạo ra một lá cờ cuối cùng để thay thế thiết kế năm 1992, nhưng cơ quan lập pháp quốc gia không hiệu quả trong vấn đề này. Do đó, Liên Hợp Quốc đã thiết lập một lá cờ mới (ngày 4 tháng 2 năm 1998) không thể liên kết một cách tượng trưng với một nhóm dân tộc, tôn giáo hoặc chính trị duy nhất.
