Mặc dù đã có các phong trào ly khai ở Panama khi nó là một phần của Colombia trong thế kỷ 19, nhưng không có cờ Panama được công nhận. Năm 1903, khi thượng viện Colombia từ chối hiệp ước được đề xuất với Hoa Kỳ sẽ cung cấp cho việc xây dựng một kênh đào Panama, người Mỹ đã hỗ trợ cho phong trào độc lập của Panama, và Cộng hòa Panama được thành lập.
Ban đầu một thiết kế cờ được đề xuất sử dụng màu sắc của cờ Colombia. Nó bao gồm các sọc ngang màu đỏ và vàng ngang nhau với một bang màu xanh lam mang hai mặt trời màu vàng liên kết với nhau, tượng trưng cho sự liên kết của hai nửa hành tinh bởi Kênh đào Panama trong tương lai. Thiết kế cờ cuối cùng đã được chọn trở thành chính thức vào ngày 4 tháng 7 năm 1904; nó được chia hàng quý với hai ngôi sao. Biểu tượng được cho là sự xen kẽ của hai đảng chính trị lớn trong chính phủ (ban đầu, màu đỏ là dành cho những người tự do, màu xanh cho những người bảo thủ và màu trắng cho hòa bình giữa họ), mặc dù màu sắc và ngôi sao ám chỉ rõ ràng về ảnh hưởng của lá cờ Hoa Kỳ. Cờ Panama được thiết kế bởi Manuel E. Amador, con trai của tổng thống đầu tiên của nước cộng hòa mới.
