Trước đây là thuộc địa của Anh, Seychelles trở nên độc lập vào ngày 29 tháng 6 năm 1976. Lá cờ được treo vào thời điểm đó có các hình tam giác màu xanh và đỏ xen kẽ, cách nhau bởi một đường chéo chéo màu trắng. Có lẽ không phải ngẫu nhiên, lá cờ đó gần như giống hệt với lá cờ được sử dụng bởi Công ty Hàng hải hơi nước Australasian United, những con tàu thường xuyên ghé thăm các hòn đảo vào đầu thế kỷ 20. Lá cờ không tồn tại được lâu: một cuộc cách mạng diễn ra vào ngày 5 tháng 6 năm 1977, dưới sự lãnh đạo của Đảng Nhân dân Seychelles (SPUP). Cờ mới có các sọc ngang màu đỏ quá xanh được phân tách bằng một dải trắng lượn sóng, giống như cờ SPUP ngoại trừ việc bỏ qua một mặt trời màu vàng ở trung tâm.
Năm 1993, áp lực từ các cường quốc nước ngoài đã dẫn đến dân chủ hóa chính phủ. Đảng cầm quyền đã mất độc quyền trong các cuộc bầu cử và sự tham gia của các đảng khác trong chính phủ dẫn đến yêu cầu về một quốc kỳ ít đảng phái hơn. Nghị viện đã phê chuẩn một thiết kế kết hợp màu sắc của các bên khác nhau trong một lá cờ được treo vào ngày 18 tháng 6 năm 1996. Màu sắc của lá cờ là màu xanh lam (cho bầu trời và biển), màu vàng (cho mặt trời mang lại sự sống), màu đỏ (cho con người và công việc của họ vì sự thống nhất và tình yêu), màu trắng (vì sự công bằng và hòa hợp xã hội) và màu xanh lá cây (đối với đất đai và môi trường tự nhiên).
