Hội đồng của Tổng thống.
Vào tháng 5 năm 1536, Giáo hoàng Paul đã công bố một cuộc biểu tình cho hội đồng được đề xuất của ông sẽ được tổ chức tại Mantua. Ông cũng ủy quyền cho một nhóm hồng y được chọn để lập báo cáo về những lạm dụng trong nhà thờ. Được hướng dẫn bởi Đức Hồng Y Gasparo Contarini, nhóm này đã tố cáo việc phong chức linh mục chuẩn bị kém, tuyển chọn các giám mục bất tài, tích lũy các lợi ích và suy đồi các mệnh lệnh tôn giáo, thuyết giảng và chăm sóc các linh hồn. Tuy nhiên, bản báo cáo rơi vào tay Tin lành và được Luther sử dụng trong một cuộc tấn công bạo lực vào Giáo hội La Mã và giáo hoàng. Tuy nhiên, Giáo hoàng đã theo đuổi kế hoạch của mình để tổ chức hội đồng, dự kiến khai mạc vào ngày 23 tháng 5 năm 1537, tại Mantua. Với sự kiên nhẫn vô hạn, Paul đã tìm cách vượt qua sự chống đối của Hoàng đế, các vị vua, linh mục và hoàng tử, thành lập và trì hoãn việc mở hội đồng hết lần này đến lần khác trong suốt 9 năm, nhưng cuối cùng đã thành công trong việc khai trương bởi vị thừa kế của mình, Hồng y Giovanni del Monte, tại Trent ngày 13/12/1545.
Để bảo vệ sự kêu gọi của người Tin lành, Hoàng đế nhấn mạnh rằng hội đồng chỉ giới hạn bản thân để xử lý kỷ luật và cải cách. Tuy nhiên, quyết định của Giáo hoàng rằng các vấn đề giáo lý được ưu tiên chiếm ưu thế, và trong các phiên họp đầu tiên, Công đồng Trent đã đưa ra các nghị định về giáo luật Kinh thánh, tội lỗi nguyên thủy, biện minh và bí tích, cũng như về cải cách. Những lo ngại về bệnh dịch và mối đe dọa tấn công của các lực lượng Tin lành có vũ trang đã khiến Giáo hoàng chấp nhận chuyển giao của hội đồng đến Bologna vào tháng 2 năm 1548. Nhưng Hoàng đế đã cấm các linh mục Tây Ban Nha và Đức đến Bologna, và Giáo hoàng phải đình chỉ Hội đồng vào ngày 17 tháng 9 năm 1549. Tuy nhiên, giai đoạn đầu tiên này của Công đồng Trent đã đạt được một bước tiến đáng kể, dẫn đến một cuộc cải cách toàn diện về giáo huấn và kỷ luật của Giáo hội.
Trong suốt triều đại giáo hoàng của mình, Giáo hoàng Paul thường xuyên đến thăm các điểm rắc rối ở các nước Giáo hoàng và hơn thế nữa. Ông đã ở Civilitavecchia vào năm 1535 và 1537; viếng thăm Lucca và Piacenza trên đường đến Nice năm 1538; xuất hiện ở Perugia để bình định thành phố sau khi lực lượng của ông phá vỡ quyền lực của gia đình Colonna năm 1540; và vào năm 1543, viếng thăm Bologna trên đường đến Busseto để gặp Hoàng đế.
